La première scène est un rève de Neo. Dans celui-ci, Trinity est poursuivie par un agent et saute par une fenêtre. L'agent la touche d'une balle en plein vol. Il se réveille alors et parle à Trinity sans lui dire de quoi il a rêvé. Il lui explique qu'il ne sait pas ce qu'il doit faire en étant l'élu. L'oracle lui le dit. L'équipage du Neb (Trinity, Morphéus, Neo et Link) se rendent alors à une réunion avec d'autres capitaines dans la matrice. Ils parlent de l'Osiris et de sa destruction. Morphéus explique aux autres capitaines ce qu'il pense à propos de la prophétie et du destion de Néo.Quant à lui, il sent la présence d'agents et reçoit l'oreillette de Smith qui est maintenant libéré et agit à son compte. Le premier combat commence alors entre des agents et Neo.Le Neb se rend sensuite à une grande réunion à Zion où tous les capitaines sont convoqués.Tout le monde à Zion attend l'arrivée de Neo. Le chef de la sécurité (Lock) et le conseiller explique à l'équipage ce qui se passe et c'est Morphéus qui prend la parole devant tout Zion pour expliquer que les machines creusent pour arrvier à Zion et les détruire. Morphéus donne l'espoir à Zion et ils font tous la fête après.Neo est averti que l'oracle veut lui parler. Le Neb sort de Zion et Neo rentre dans la matrice pour aller la rencontrer. Il doit d'abord affronter son garde du corps et peut ensuite lui parler. Après leur discution, combat avec l'agent Smith démultipliés. Neo est forcé de fuire.Neo, Mopheus et Trinity se rendent alors chez le Merovingian pour emmener le maître des clés avec eux. Le Merovingian ne veut pas s'en séparer mais sa femme Perséphone décide de les aider en échange d'un baiser de Neo. Ils emmènent le maître des clefs mais sont poursuivis par les gardes du corps du Merovingian. Scène de l'autoroute (magnifique).Neo se rend ensuite, comme le lui a dit l'oracle, à la source grâce au maître des clefs. Neo discute avec l'architecte sur l'avenir de Zion et l'origine de l'élu. Pendant ce temps Trinity est poursuivie par un agent et fait la chute par la fenêtre que Neo a vue dans son rêve. Neo choisit de la sauver et la guérit.
Ils retournent tous les deux dans le monde réel et doivent quitter le Neb à cause d'une attaque de sentinelles. Ensuite de évènements assez bizarre et inexplicable se produisent et dont nous saurons l'explication dans Matrix Revolutions.